2. Oubli

Toujours hanté par les souvenirs de son premier combat face aux Gaunas, Nagate fait connaissance avec les pilotes d'élite de Sidonia.

3. Gloire

Nagate se met à dos Kunato en tentant de protéger une amie. Pendant ce temps, les pilotes doivent faire face à l'attaque des Gaunas.

4. Sacrifices

Après la catastrophe survenue à bord du Sidonia, Nagate doit récupérer une précieuse arme. Il décide ensuite de braver les interdits pour voler au secours d'une amie.

5. À la dérive

Nagate et Shizuka dérivent dans l'espace en attendant l'arrivée salvatrice du Sidonia. Le manque de vivres commence peu à peu à se faire sentir.

6. Salutations

Nagate et ses amis décrochent leur diplôme de pilote et sont rapidement envoyés au combat à l'approche de l'ennemi, pendant que Kunato s'intéresse à l'histoire de Nagate.

7. Détermination

Trois équipes s'engagent dans une terrible bataille pour tenter d'anéantir un ennemi plus massif et mortel que jamais.

8. Immortalité

Tenu responsable d'une défaite, Nagate se sent coupable de la mort de ses compagnons, tandis que la lumière est faite sur le passé du Sidonia.

9. Affinité

Alors que les Gaunas ont trouvé un moyen inquiétant de contre-attaquer leurs adversaires, Nagate est de retour sur le Sidonia.

10. Décisions

Les pacifistes se mettent en danger en quittant le Sidonia, tandis que leurs ennemis débarquent encore plus puissants et nombreux que jamais.

11. Collision

Un énorme Gauna se dirige droit vers le Sidonia, et Nagate fait tout ce qui est en son pouvoir pour protéger ses amis.

12. Foyer

Après l'impact des particules Heigus, les derniers pilotes unissent leurs forces pour tenter de s'introduire au cœur même de l'ennemi.